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1、数字化信息的积累难以满足实际需要
国土资源基础信息大部分仍以纸介质保存，数字化信息的积累严重不足。全国县级土地利用数据、城镇地籍信息有80％左右仍以纸介质方式保存，全国地质资料只有8％实现了数字化。地籍信息数字化更新和共享不够，国家很难及时掌握土地资产的信息变化，导致国有土地资产流失，同时给国家土地税收带来损失。
2、数据更新的长效机制还没有形成，技术方法落后
数据的获取和更新方式相对落后，信息现势性不强，很难全面、真实、客观地反映资源的状况；已经形成的电子数据和建立的数据库标准不统一、管理不规范，影响了数据的有效使用和共享；数据获取途径主要依靠地方报送和常规统计，效率低，受人为因素的影响，导致数据客观真实性存在着较大的问题。
3、基础信息深加工程度低
对所掌握的大量国土资源原始数据缺乏深度加工和整合，信息共享和交换平台建设滞后，难以形成有针对性的信息产品和服务，信息闲置和浪费现象严重。针对如国防、公安、广电、环保等以及社会各种差异化的需求，缺乏集成适用的信息产品；地质灾害与环境信息的开发和利用与广泛的社会需求仍不相适应。
4、信息资源开发利用的有关政策和制度建设滞后
没有建立完整的针对国土资源信息资源开发利用的政策制度体系，信息资源开发利用缺乏整体规划，造成现有国土资源信息对国家和社会公众的基础性、公益性作用远未发挥。
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